2013年10月24日，国家卫生和计划生育委员会公布了“国家卫生计生委首届期刊奖”名单，《中国药房》杂志名列其中。此次评选活动是由国家卫生和计划生育委员会根据《医药卫生期刊综合评估体系（试行）》要求，按照综合评价总分排序（总被引频次、影响因子、基金论文比等），从政治问题、科研设计、编辑规范、出版质量、广告情况等方面并综合2010～2012年期刊的总收入、期均发行量等指标，组织专家对其主管参评期刊进行了严格评审，最终评出包括《中国药房》杂志在内的共25种期刊为“国家卫生计生委首届期刊”。

《中国药房》杂志自1990年1月创刊以来，始终坚持“创中国刊业名牌，为医药卫生导航”的办刊方针，坚持以“宣传国家对药品、药事管理的有关法规，传播药品研发、生产、经营、临床应用及监督管理方面的动态及信息，反映医、药学工作者和广大消费者对药品的评价和心声；促进医院药房（药剂科）、社会药房（店）的科学管理，提高各级各类药学人员的素质；以构建药品研发、生产、经营、临床应用及监督管理间的桥梁为己任”为办刊宗旨。杂志致力于期刊品牌建设，努力打造医药卫生行业学术交流及信息传播的平台，曾多次获重庆市期刊评比一等奖，并获及时届重庆出版政府奖、卫生部期刊一等奖、第三届国家期刊奖等多项荣誉称号，被列入中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国期刊方阵双效期刊、中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊、RCCSE中国核心学术期刊，并被中国学术期刊文献总库、万方数据库、CJFD、CMCC、CMCI、CAJCED和UPD、IPA、CA、AJ、WPRIM、IC等国内外多个重要检索系统及数据库收录，为2013年度重庆市出版专项资金资助期刊之一。